Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

tut [2013/12/13 14:38]
igor created
tut [2014/06/05 13:53] (current)
igor
Line 1: Line 1:
-====== BacTrack User Tutorial ====== 
  
-BacTrack feature written and video tutorial: +===== Video Tutorial =====
-\\\+
  
 +==== 1. BactImAs structure and Phase 1  ====
 +Video explaining BactImAs structure and where to store experiment images and databases.
 +{{youtube>​B_A87dSbhP8?​large|BacTrack structure}}
  
-===== Tutorial ===== 
  
-To start, either: ​                                                                                                                                              +==== 2New experiment ​ ==== 
-  +Video explaining how to define new experiment, ​and set the initial cell ROIs.
- - SETUP NEW EXPERIMENT ​                                                                                                                                        +
-    You must prepare, beforehand, three folders: red, green and blue (each containing image sequence of the appropriate channel)                              +
-    ​Images must be PNGs, 512x512, 8-bit, and must be named unanimously (having the same name, and increasing number at the end), e.g.:                                          +
-                                                                                                                                                                +
-        prpdesGFPmCherryWag05prop01_32_white0000.png ​                                                                                                           +
-        prpdesGFPmCherryWag05prop01_32_white0001.png ​                                                                                                           +
-        prpdesGFPmCherryWag05prop01_32_white0002.png ​                                                                                                           +
-        ...                                                                                                                                                     +
-    Don't worry, ImageJ will do this for you (by deafault), if you say File->​Save As->​Image sequence ​                                                           +
-    These folders must not be moved afterwards (in this version) - the program will expect images ​to be at the same place when you (later) load the experiment+
-    In other wordsimages WILL NOT be saved to database, only the calculated/​defined ​ROIs, measurements etc                                                  +
-                                                                                                                                                                +
- - LOAD THE EXISTING EXPERIMENT ​                                                                                                                                +
-    (beware of the last sentence, just above)  +
- +
-===== Video Tutorial =====+
  
 +{{youtube>​fEv40wU9x_Y?​large|New experiment}}
Print/export
QR Code
QR Code tut (generated for current page)