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tut [2013/12/13 14:58]
igor
tut [2014/06/05 13:53] (current)
igor
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-====== BacTrack User Tutorial ====== 
  
-BacTrack feature written and video tutorial: +===== Video Tutorial =====
-\\\+
  
 +==== 1. BactImAs structure and Phase 1  ====
 +Video explaining BactImAs structure and where to store experiment images and databases.
 +{{youtube>​B_A87dSbhP8?​large|BacTrack structure}}
  
-===== Tutorial ===== 
  
-To start, either: ​                                                                                                                                              +==== 2. New experiment ​ ==== 
-  +Video explaining how to define new experiment, and set the initial cell ROIs.
-  * SETUP NEW EXPERIMENT ​                                                                                                                                       ​ +
-      You must prepare, beforehand, three folders: red, green and blue (each containing image sequence of the appropriate channel). \\                              +
-      Images must be 8-bit PNGs, and must be named unanimously (having the same name, and increasing number at the end), e.g.:                                          +
-                                                                                                                                                     +
-        prpdesGFPmCherryWag05prop01_32_white0000.png ​                                                                                                           +
-        prpdesGFPmCherryWag05prop01_32_white0001.png ​                                                                                                           +
-        prpdesGFPmCherryWag05prop01_32_white0002.png ​                                                                                                           +
-        ...                                                                                                                                                     +
-    Don't worry, ImageJ will do this for you (by deafault), if you say File->​Save As->​Image sequence. +
-    Also, note that once you've processed the movie (i.e. performed cell segmentations) you can measure on a whole different set of images (typically original TIFFs), as long as the ROIs (cell selections) hit the same spot.                                                            +
-    These folders should not be moved afterwards (in this version) - the program will expect images ​to be at the same place when you (later) load the experiment+
-    Should you move themyou'll have to edit the experiment properties ​and set the new file locations. +
-    In other words, images WILL NOT be saved to database, only the calculated/​defined ​ROIs, measurements etc                                                  +
-                                                                                                                                                                +
- * LOAD THE EXISTING EXPERIMENT ​                                                                                                                                +
-    (beware of the last sentence, just above) ​+
  
-===== Video Tutorial =====+{{youtube>​fEv40wU9x_Y?​large|New experiment}}
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